MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 chromosome

Total Repeats: 90422

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016857	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379699218
2	NC_016857	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379699218
3	NC_016857	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699219
4	NC_016857	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	379699219
5	NC_016857	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379699219
6	NC_016857	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	379699219
7	NC_016857	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699219
8	NC_016857	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	379699219
9	NC_016857	GC	3	6	575	580	0 %	0 %	50 %	50 %	379699219
10	NC_016857	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699219
11	NC_016857	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
12	NC_016857	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	379699219
13	NC_016857	GATC	2	8	777	784	25 %	25 %	25 %	25 %	379699219
14	NC_016857	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
15	NC_016857	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
16	NC_016857	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379699219
17	NC_016857	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
18	NC_016857	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
19	NC_016857	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699219
20	NC_016857	GCT	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699219
21	NC_016857	CT	3	6	1105	1110	0 %	50 %	0 %	50 %	379699219
22	NC_016857	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699219
23	NC_016857	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379699219
24	NC_016857	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699219
25	NC_016857	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699219
26	NC_016857	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
27	NC_016857	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379699219
28	NC_016857	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379699219
29	NC_016857	TG	3	6	1417	1422	0 %	50 %	50 %	0 %	379699219
30	NC_016857	GC	3	6	1436	1441	0 %	0 %	50 %	50 %	379699219
31	NC_016857	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
32	NC_016857	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699219
33	NC_016857	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379699219
34	NC_016857	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379699219
35	NC_016857	AATATC	2	12	1606	1617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379699219
36	NC_016857	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379699219
37	NC_016857	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379699219
38	NC_016857	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699219
39	NC_016857	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379699219
40	NC_016857	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699219
41	NC_016857	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699219
42	NC_016857	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379699219
43	NC_016857	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699219
44	NC_016857	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699219
45	NC_016857	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379699219
46	NC_016857	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699219
47	NC_016857	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
48	NC_016857	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699219
49	NC_016857	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699219
50	NC_016857	CT	3	6	2254	2259	0 %	50 %	0 %	50 %	379699219
51	NC_016857	TC	3	6	2292	2297	0 %	50 %	0 %	50 %	379699219
52	NC_016857	GC	3	6	2314	2319	0 %	0 %	50 %	50 %	379699219
53	NC_016857	CG	3	6	2345	2350	0 %	0 %	50 %	50 %	379699219
54	NC_016857	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699219
55	NC_016857	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699219
56	NC_016857	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699219
57	NC_016857	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	379699219
58	NC_016857	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379699219
59	NC_016857	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699219
60	NC_016857	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699219
61	NC_016857	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699219
62	NC_016857	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699220
63	NC_016857	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699220
64	NC_016857	A	7	7	3060	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	379699220
65	NC_016857	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699220
66	NC_016857	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699220
67	NC_016857	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	379699220
68	NC_016857	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699220
69	NC_016857	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699220
70	NC_016857	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379699220
71	NC_016857	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379699220
72	NC_016857	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699220
73	NC_016857	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699220
74	NC_016857	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	379699220
75	NC_016857	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699220
76	NC_016857	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699220
77	NC_016857	CG	4	8	3503	3510	0 %	0 %	50 %	50 %	379699220
78	NC_016857	GC	3	6	3558	3563	0 %	0 %	50 %	50 %	379699220
79	NC_016857	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699220
80	NC_016857	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699220
81	NC_016857	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699221
82	NC_016857	T	8	8	3819	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	379699221
83	NC_016857	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699221
84	NC_016857	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699221
85	NC_016857	CG	3	6	3962	3967	0 %	0 %	50 %	50 %	379699221
86	NC_016857	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699221
87	NC_016857	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699221
88	NC_016857	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	379699221
89	NC_016857	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699221
90	NC_016857	CG	3	6	4206	4211	0 %	0 %	50 %	50 %	379699221
91	NC_016857	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699221
92	NC_016857	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699221
93	NC_016857	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379699221
94	NC_016857	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699221
95	NC_016857	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699221
96	NC_016857	GCT	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699221
97	NC_016857	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699221
98	NC_016857	GATG	2	8	4633	4640	25 %	25 %	50 %	0 %	379699221
99	NC_016857	CAGC	2	8	4642	4649	25 %	0 %	25 %	50 %	379699221
100	NC_016857	CG	3	6	4662	4667	0 %	0 %	50 %	50 %	379699221
101	NC_016857	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379699221
102	NC_016857	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699221
103	NC_016857	CTGA	2	8	4700	4707	25 %	25 %	25 %	25 %	379699221
104	NC_016857	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699221
105	NC_016857	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699221
106	NC_016857	CAG	2	6	4742	4747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379699221
107	NC_016857	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699221
108	NC_016857	AG	3	6	4882	4887	50 %	0 %	50 %	0 %	379699221
109	NC_016857	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699221
110	NC_016857	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699221
111	NC_016857	CTGC	2	8	4970	4977	0 %	25 %	25 %	50 %	379699221
112	NC_016857	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699221
113	NC_016857	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699221
114	NC_016857	TG	3	6	5148	5153	0 %	50 %	50 %	0 %	379699222
115	NC_016857	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699222
116	NC_016857	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379699222
117	NC_016857	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699222
118	NC_016857	CG	3	6	5251	5256	0 %	0 %	50 %	50 %	379699222
119	NC_016857	T	6	6	5258	5263	0 %	100 %	0 %	0 %	379699222
120	NC_016857	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379699222
121	NC_016857	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699222
122	NC_016857	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379699222
123	NC_016857	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379699222
124	NC_016857	CG	3	6	5470	5475	0 %	0 %	50 %	50 %	379699222
125	NC_016857	AG	3	6	5552	5557	50 %	0 %	50 %	0 %	379699222
126	NC_016857	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379699222
127	NC_016857	CAAAAT	2	12	5578	5589	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379699222
128	NC_016857	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699222
129	NC_016857	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379699222
130	NC_016857	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699222
131	NC_016857	AATCAG	2	12	5873	5884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379699222
132	NC_016857	CG	3	6	5971	5976	0 %	0 %	50 %	50 %	379699223
133	NC_016857	GCC	2	6	5979	5984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379699223
134	NC_016857	ACC	2	6	6096	6101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379699223
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